Durante 2006, Aernnova aumentó su participación en el VI Programa Marco Europeo. Así, en ese año se lanzaron tres nuevos proyectos: ADVICE (sistema autónomo de detección de daño y control de vibraciones), NICETRIP (diseño del ala de un tiltrotor) y CESAR (metodologías de diseño de aeronaves, cargas operacionales), que se han unido a los proyectos ya existentes, COCOMAT (estabilidad de estructuras aeronáuticas), TATEM (detección de daños) y FRIENDCOPTER (disminución del nivel de ruido en el interior de helicópteros) y ARTIMA (estructuras inteligentes), éste último dirigido por AERNNOVA.
En España, AERNNOVA ha continuado con sus líneas de investigación en el campo de los materiales compuestos, participando en TODO COMPUESTO (CDTI) y RIGPAN (IMADE), estructuras inteligentes (Comunidad de Madrid) y análisis de discontinuidades (AERODISC) y soldaduras (PROAVION) (Gobierno Vasco).
En 2006, AERNNOVA obtuvo tres nuevas patentes relacionadas con distintos aspectos del proceso de diseño y fabricación de estructuras aeronáuticas (elementos de unión de paneles, un proceso para la fabricación de estructuras de material compuesto y procedimientos para la fabricación de bordes de ataque de winglets).
Actualmente se está negociando del VII Programa Marco Europeo para el desarrollo del proyecto LAYSA. La participación de AERNNOVA en este proyecto está centrada en la definición de requisitos y en la validación de la tecnología.